הגמרא במסכת שבת דף לג מביאה את התיאור של אסיפת החכמים שבעטיה נאלץ רשב”י לברוח ולהסתתר במערה
דיתבי רבי יהודה ורבי יוסי ורבי שמעון ויתיב יהודה בן גרים גבייהו פתח ר’ יהודה ואמר כמה נאים מעשיהן של אומה זו תקנו שווקים תקנו גשרים תקנו מרחצאות ר’ יוסי שתק נענה רשב”י ואמר כל מה שתקנו לא תקנו אלא לצורך עצמן תקנו שווקין להושיב בהן זונות מרחצאות לעדן בהן עצמן גשרים ליטול מהן מכס הלך יהודה בן גרים וסיפר דבריהם (תלמידים או לאביו ואמו ולא להשמיען למלכות ונשמעו על ידו למלכות) ונשמעו למלכות
אמרו, יהודה שעילה יתעלה יוסי ששתק יגלה לציפורי שמעון שגינה יהרג אזל הוא ובריה טשו בי מדרשא (הלכו רשב”י ובנו והתחבאו בבית המדרש) כל יומא הוה מייתי להו דביתהו ריפתא וכוזא דמיא וכרכי (כל יום הביאה להם אשת רשב”י לחם ומים) כי תקיף גזירתא א”ל לבריה נשים דעתן קלה עליהן דילמא מצערי לה ומגליא לן
אזלו טשו במערתא איתרחיש ניסא איברי להו חרובא ועינא דמיא (עץ חרוב ומעין מים) והוו משלחי מנייהו והוו יתבי עד צוארייהו בחלא (היו פושטים את הבגדים וישבו בתוך החול עד צוארם ולבשו את הבגדים רק כדי להתפלל כדי שלא יבלו) כולי יומא גרסי בעידן צלויי לבשו מיכסו ומצלו והדר משלחי מנייהו כי היכי דלא ליבלו
איתבו תריסר שני במערתא אתא אליהו וקם אפיתחא דמערתא אמר מאן לודעיה לבר יוחאי דמית קיסר ובטיל גזירתיה נפקו חזו אינשי דקא כרבי וזרעי אמר מניחין חיי עולם ועוסקין בחיי שעה כל מקום שנותנין עיניהן מיד נשרף יצתה בת קול ואמרה להם להחריב עולמי יצאתם חיזרו למערתכם. הדור אזול איתיבו תריסר ירחי שתא אמרי משפט רשעים בגיהנם י”ב חדש יצתה בת קול ואמרה צאו ממערתכם.
נפקו כל היכא דהוה מחי ר’ אלעזר הוה מסי ר”ש אמר לו בני די לעולם אני ואתה בהדי פניא דמעלי שבתא חזו ההוא סבא דהוה נקיט תרי מדאני אסא ורהיט בין השמשות אמרו ליה הני למה לך אמר להו לכבוד שבת ותיסגי לך בחד חד כנגד זכור וחד כנגד שמור א”ל לבריה חזי כמה חביבין מצות על ישראל יתיב דעתייהו
במסכת שביעית פרק ט’ ישנה הוספה. לסוף שלוש עשרה שנה יצא וישב על פתח המערה שהיה שם. ראה צייד אחד שעמד וצד עופות. שמע בת קול מן השמים קורא ואומר דימוס (פי’ רחמים) והיה זה העוף ניצול מזה הפח וברח משם. כשראה זאת רשב”י אמר, אפילו ציפור אינו נלכד וניצוד עד שמכריזין עליו מן השמים כל שכל נפש של ישראל.